Istoria Schitului „Sf. Nicolae” este strans legata de cea a orasului Giurgiu, asezata ca o santinela a crestinatatii, chiar langa Cetatea lui Mircea cel Batran si in apropierea canalului Sf Gheorghe.Odata cu incheierea razboiului ruso-turc din anii 1828-1829, Giurgiu redevine teritoriu romanesc, iar generalul Kiselev da ordin ca geamia din Giurgiu si cea din Braila sa fie transfromate in biserici ortodoxe. Se dorea astfel ca aceastea sa fie loc de pomenire pentru soldatii cazuti in razboi, dar si sa arate biruinta credintei ortodoxe asupra isalmului.
Fostei geamii din Giurgiu, care avea forma patrata, i se construieste in anul 1830 un altar in forma de absida si un pridvor. Lacasul a fost acoperit cu o bolta cilindrica si cu o turla de lemn. Asftfel, ia nastere Biserica „Sf. Nicolae”.
In ziduri se mai vad si astazi urmele unor ghiulele de tun, marturie a istoriei zbuciumate a acestor meleaguri.